昆丁证实阿雷就是当年逃走的试验品后,强行抓走阿雷不成,企图通过法律夺回阿雷的监护权。阿雷和博士等人决定找到阿雷的父母,证明阿雷并非孤儿从而挫败昆丁的阴谋。在博士等人的陪同下,阿雷开始了寻找自己身世的曲折旅程,最终在一位神秘人的帮助下,阿雷战胜重重困难,终于找到了妈妈得知了自己的身世,而一直暗地帮助阿雷的神秘人竟然就是阿雷的爸爸。在一家人团聚的时刻,昆丁带人绑走了阿雷和父亲,将他们带到海底,准备实施将人类改造成海底人的“波塞冬计划”。阿雷在海洋动物们的帮助下,最终救出父亲,挫败了昆丁的阴谋,挽救了海洋动物和人类。