故事的主人公高中二年级的普通男子高中生井上心叶,因为过去的阴影,对人抱着冷谈的态度。然而,因为某个契机,井上心叶知道了文学少女天野远子的秘密。得知秘密的他被远子以文艺部部长的身份强制要求加入社团,并且每天被逼写三题故事。由于远子好管闲事的个性,心叶常常被卷入一些事件中,而后帮助事件顺利解决。在这过程中,两人结识了竹田千爱、樱井流人、姫仓麻贵、琴吹七濑等人。心叶的心房也渐渐打开,开始走出过去的阴影,最终和某个少女重新相聚。当心叶的故事迷题解开,从过去中解放出来之时,心叶背叛了远子,而远子亦背叛了他……。 最终,文学少女解开了迷题,而心叶等人的命运,也一点点的脱离了轨迹……