《苍穹之法芙娜EXODUS》作为《苍穹之法芙娜》系列的续篇,故事设定在西历2151年,即剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后。前作的主角真壁一骑、皆城总士、远见真矢也将会继续在续篇中登场,并且还诞生了第二代乙姬,她的名字是皆城织姬。
HEAVEN AND EARTH2年半后,西历2151年― 交战规定阿尔法,是人类禁忌的指令。 二代目乙姫,其名为皆城织姫,新的篇章拉开帷幕……